El Centro de Navegación funciona de acuerdo a sus estatutos sobre la base de un órgano ejecutivo general -su Comisión Directiva, con cinco integrantes- que se coordina con la Asamblea de Socios. Además de las reuniones anuales para considerar memoria y balance, la Asamblea se reúne periódicamente para mantenerse informada acerca de la gestión que se va desarrollando o por citaciones extraordinarias en virtud de problemas específicos.

La Comisión Directiva es el órgano ejecutivo de la Institución. Sesiona semanalmente con la Gerencia, requiriendo la participación de sus Asesores y empleados, en la medida de lo necesario. También lo hace con cada uno de los sectores de actividad, a efectos de tratar sus temas específicos.
Funcionan en el Centro tres sectores de Actividad:

• AGENTES MARÍTIMOS Y FLUVIALES
• OPERADORES PORTUARIOS
• TERMINALES Y DEPÓSITOS INTRA Y EXTRA PORTUARIOS

Cada uno de ellos se conforma con los socios activos que desarrollen actividad habitual y efectiva en el ramo. Sus órganos son la Mesa Ejecutiva Sectorial con tres integrantes y la Asamblea Sectorial. Cada uno de estos sectores actúa con autonomía en el tratamiento de los asuntos que afecten exclusivamente al mismo, quedando reservada a la Comisión Directiva toda materia que involucre el interés general.
Tanto a nivel general como sectorial, el Centro se vale de Comisiones Especiales que pueden ser creadas por los diferentes órganos con carácter permanente o Ad hoc. Estas Comisiones tienen a su cargo el estudio de iniciativas o la solución de problemas, lo que constituye un ámbito de participación permanente de los socios en la vida de la institución.